쌍으로 존재하는 두개의 Allele에서 각각의 Allele에 존재하는 SNP들이 있을 때, 이러한 SNP 집합들의 Combination가능 경우의 수에 비해 실질적으로 존재하는 SNP 집합은 매우 적은경우 이들을 Block으로 묶어서 생각할 수 있게 된다.(Haplotype) 이러한 Block 단위를 SnpHaplotype이라고 한다.
A set of closely linked GeneticMarkers present on one Chromosome which tend to be inherited together (not easily separable by recombination).
예를들어
AT'''A'''GTCACG'''T'''ACGTAT'''T'''ACG AT'''C'''GTCACG'''A'''ACGTAT'''G'''ACG AT'''C'''GTCACG'''A'''ACGTAT'''G'''ACG
이와 같은 경우 SNP의 집합은 3번째, 10번째, 17번째 위치의 것들이며, 3번째 위치에서는 A/C , 10번째 위치에서는 T/A ,
17번째 위치에서는 T/G 의 SNP Type들이 관찰된 것이다. 그렇다면 이들 세 위치에서의 SNP들이 일어날 모든 경우의 수는 2*2*2 즉 다음과 같은 8가지 조합이 가능하다.
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A T T ; A T G ; A A T ; A A G ; C T T ; C T G ; C A T ; C A G ;
이들 중 실제로 관찰된 결과는 A T T , C A G 단 2가지 뿐이다. 이렇게 함께 따라다니는 SNP 현상들의 집합인 Block을 SnpHaplotype이라 한다.
이러한 현상들은 단순히 위의 예와 같이 블록단위에서만 끝나는 것이 아니라, 블록들간의 조합들까지도 고려가 되어야 한다.
[출처] snp haplotype|작성자 fortitud